Svätý Lev II. bol pápežom iba necelý rok, od augusta 682 do júla 683, no jeho krátky pontifikát bol významný potvrdením záverov Tretieho konštantínopolského koncilu. Pochádzal zo Sicílie, bol synom muža menom Paulus. V Ríme pôsobil pravdepodobne ako jeden z mnohých sicílskych klerikov, ktorí tam mohli prísť v dôsledku arabských nájazdov na Sicíliu v polovici 7. storočia. Bol známy ako výrečný kazateľ, vzdelaný v gréčtine aj latinčine, mal záujem o hudbu a bol štedrý k chudobným.
Hoci bol Lev II. zvolený za pápeža krátko po smrti svätého Agatona (zomrel 10. januára 681), jeho konsekrácia sa uskutočnila až 17. augusta 682. Dôvodom tohto dlhého odkladu bola potreba získať potvrdenie od byzantského cisára Konštantína IV. v Konštantínopole. Cisár napokon súhlasil a zároveň znížil alebo zrušil daň, ktorú dovtedy pápeži museli platiť cisárskej pokladnici pri svojej konsekracii.
Najdôležitejším aktom pontifikátu Leva II. bolo oficiálne potvrdenie uznesení Tretieho konštantínopolského koncilu (680–681), známeho aj ako Šiesty ekumenický koncil. Tento koncil odsúdil monoteletizmus – herézu, ktorá tvrdila, že Ježiš Kristus mal iba jednu, božskú vôľu – a potvrdil učenie o dvoch vôľach v Kristovi (božskej a ľudskej). Lev II. o potvrdení dekrétov informoval cisára a následne ich oznámil aj cirkvám na Západe, najmä v Španielsku, kde boli prijaté na synode v Tolede (684).
Súčasťou potvrdenia koncilových záverov bola aj chúlostivá otázka odsúdenia pápeža Honoria I. (625–638), ktorého koncil anatematizoval za jeho postoj k monoteletizmu. Lev II. potvrdil odsúdenie Honoria, ale vynaložil veľké úsilie, aby vysvetlil jeho povahu. Zdôraznil, že Honorius nebol odsúdený za to, že by sám učil herézu, ale za svoju nedbalosť a za to, že aktívne nepotlačil šíriacu sa herézu, čím „dovolil, aby bola poškvrnená nepoškvrnená viera“. Toto rozlíšenie bolo dôležité pre neskoršie diskusie o pápežskej neomylnosti.
Lev II. tiež úspešne ukončil snahy arcibiskupov Ravenny o nezávislosť od Ríma a potvrdil jurisdikciu rímskeho biskupa nad Ravennou. Zrušil poplatok, ktorý ravennskí arcibiskupi platili za prijatie pália. Zaujmal sa o liturgiu a cirkevnú hudbu, pripisuje sa mu reorganizácia pápežského zboru (schola cantorum) a skladanie hymnov. Dal tiež preniesť ostatky viacerých mučeníkov z katakomb do kostolov vnútri mestských hradieb pre ich lepšiu ochranu a úctu.
Zomrel 3. júla 683 v Ríme a bol pochovaný v Bazilike svätého Petra. Hoci nebol mučeníkom, Cirkev ho uctieva ako svätca. Jeho liturgický sviatok sa slávi 3. júla.
